VectorBuilder载体是如何命名的？

大多数情况下，载体中使用的元件名称（例如启动子和ORF）都是定义好的，而载体名称则由各元件名称组成，具体命名规则如下：

• VectorBuilder常用元件库的元件：使用元件的常用名字，如CMV, EGFP, Neo

• VectorBuilder基因库中检索的ORF：ORF命名由基因名称和其后面跟着的括号中的RefSeq accession组成（无RefSeq注释的则使用Gene ID）。在基因名称的前面加上小写字母的，则表示种属的缩写。具体命名规则如下：
  • 人（human）、小鼠（mouse）、大鼠（rat）分别对应缩写字母“h”、“m”、“r”
  • 其他常见种属则用两个缩写字母来表示，例如：猫（cat）、黑猩猩（chimpanzee）、狗（dog）分别对应“ct”、“ch”、“dg”。
  • 罕见种属则用学名的三个缩写字母加下划线来表示。缩写的首字母对应属名的首字母，其他两个字母对应种名的前两个字母。例如：黑腹果蝇（Drosophila melanogaster）的缩写是“dme_”。
  
  以NCBI RefSeq转录本库的一个人类ORF命名为例：hRHO[NM_000539.3]
  以VectorBuilder ORF库里的一个小鼠ORF命名为例：mRho[ORF032112]
  以NCBI RefSeq转录本库的一个黑腹果蝇ORF命名为例：dme_w[NM_057439.2]
  以NCBI RefSeq转录本库的一个E. coli ORF命名为例: eco_nhaA[944758]

• 用户提供序列的元件：序列命名后才能把该序列添加到载体上，用户提供的名字将显示在大括号里。若用户添加的序列跟VectorBuilder数据库里的某一个元件完全相同，则该序列的名字会自动变成 VectorBuilder元件库里的名字。

  以用户提供的元件命名为例：{MyGene}

• 用户编辑后的VectorBuilder ORF库元件：当一个来自VectorBuilder数据库的ORF被用户引入突变之后，会在原来的ORF名字上打上*的标记来表示引入了突变。用户可以选择继续使用这个名字，或者对它重命名。如果选择重命名，则名字将显示在大括号里，表示此名字是由客户命名的。请注意，用“添加标签”功能添加到开放阅读框的蛋白标签不视为突变。

  以VectorBuilder数据库里一个经过用户编辑的ORF为例：自动生成名字是hRHO[NM_000539.3]* ，用户重命名后变成{MyGene}

为了确保名称的一致性，大多数情况下用户不能改变自动生成的元件名称，但以下情况除外：

• 由用户提供序列的元件需要由用户来命名，并打上大括号表示此元件是由用户命名的。
• 当一个从VectorBuilder基因库检索出来的ORF被引入突变后， 该ORF名字上会被自动打上*的标记。用户可以用这个名字命名，也可以对名字进行修改。如果重命名，名字将显示在大括号里，表示此名字是由用户所命名的。

• 所有载体名称都以字母“p”开头；
• “p”字母后面是载体骨架的缩写，以下是常用骨架的例子：
  RP: Regular plasmid，常规质粒载体
  LV: Lentivirus，慢病毒载体
  MMLV: MMLV retrovirus，MMLV逆转录病毒载体
  AV: Adenovirus，腺病毒载体
  AAV: Adeno-associated virus，腺相关病毒载体
  PB: PiggyBac transposon，PiggyBac转座子
  Tol2: Tol2 transposon，Tol2转座子
  ET, BAD or CS：各种细菌蛋白表达载体
  SC: Saccharomyces cerevisiae，酿酒酵母蛋白表达载体
  BV: Baculovirus，昆虫杆状病毒蛋白表达载体
• 在载体骨架缩写后的中括号里添加其生物学应用的缩写，以下是常用生物学应用的例子： 
  Exp：基因过表达载体
  shRNA：干扰载体
  gRNA：CRISPR系统所需的gRNA表达载体
  En：增强子活性测试载体

载体名称：pLV[Exp]-Hygro-CMV>FLAG/hRHO[NM_000539.3]*/10xHis:IRES:3xNLS/EGFP/HA

说明：